W roku 1605 papież Paweł V zezwolił na zawieszenie obrazu św. Stanisława w kościele św. Andrzeja w Rzymie i na zawieszenie przy nim lamp, jak też wotów. Papież Klemens X w roku 1670 zezwolił jezuitom na odprawienie Mszy świętej i na odmawianie godzin kanonicznych ku czci Stanisława. W roku 1674 tenże papież ogłosił Stanisława Kostkę jednym z głównych patronów Korony Polskiej i Wielkiego Księstwa Litwy. Te fakty Stolica Apostolska uznała za akt beatyfikacji. Stanisław Kostka jest pierwszym, który dostąpił chwały ołtarzy w Towarzystwie Jezusowym. W roku 1714 papież Klemens XI wydał dekret kanonizacyjny, ale samego aktu kanonizacji dokonał w roku 1726 papież Benedykt XIII wraz ze św. Alojzym Gonzagą.
W roku 1926, w 200-lecie kanonizacji, odbyła się uroczystość sprowadzenia do Polski małej części jego relikwii. W uroczystościach jubileuszowych wziął udział sam prezydent państwa, Ignacy Mościcki. Relikwia głowy św. Stanisława znajduje się w nowicjacie jezuickim w Gorheim koło Sigmaringen. Ciało spoczywa w kościele św. Andrzeja w Rzymie w ołtarzu po lewej stronie.
Święty Stanisław Kostka miał swoje sanktuaria w Polsce, licznie nawiedzane przez wiernych. Słynęły tam łaskami obrazy świętego: w Lublinie, w Płockiej katedrze i w Pułtusku – w kolegiacie. Ku czci świętego wzniesiono 53 kościoły w kraju i kilkanaście za granicą, wśród nich katedrę w Łodzi i najpiękniejszy w Nowym Yorku. Dawny pokój w domu Kimberkera, w którym mieszkał św. Stanisław Kostka, został zamieniony w bogatą, barokową kaplicę. W obrazie ołtarzowym artysta przypomina dwie sceny: jak św. Barbara posila św. Stanisława Komunią świętą i jak Matka Boża podaje Stanisławowi na ręce Dziecię Jezus. Także jego pokój w dawnym nowicjacie rzymskim został zamieniony na kaplicę. Można tam obejrzeć pamiątki po świętym, także jego zeszyty szkolne. Nad wejściem do tegoż pokoju – kaplicy jest łaciński napis: Rzymski nowicjat Towarzystwa Jezusowego, założony przez św. Franciszka Borgiasza. W tej części domu dokonał swojego życia św. Stanisław Kostka, a po śmierci okrył ją chwałą.
W tymże pokoju Piotr Le Gros Młodszy wykonał przepiękną rzeźbę św. Stanisława w białym marmurze, polichromowanym. święty leży na łożu śmierci jakby słodko spał. Nad nim jest obraz Matki Bożej, która spuszcza na „śpiącego” kleryka z nieba róże. Pod obrazem jest przepiękny wiersz w języku polskim, napisany przez Cypriana Norwida, któremu myśli podsunął właśnie ten wspaniały pomnik:
W komnacie, gdzie Stanisław święty zasnął w Bogu,
na miejscu łoża jego stoi grób z marmuru
taki, że widz, niechcący wstrzymuje się u progu,
myśląc, że święty we śnie zwrócił twarz od muru
i rannych dzwonów echa w powietrzu dochodzi.
Nad łożem tym i grobem świeci wizerunek
Królowej nieba, która z świętych chórem schodzi
i tron opuszcza, nędzy spiesząc na ratunek.
Palm, kwiatów wiele aniołowie niosą,
skrzydłami z ram lub nogą występują bosą.
Gdzie zaś od dołu obraz kończy się ku stronie,
w którą Stanisław Kostka blade zwracał skronie
jeszcze na ram złoceniu róża jedna świeci:
niby, że po obrazu stoczywszy się płótnie,
upaść ma jak ostatni dźwięk, gdy składasz lutnię.
I nie zleciała dotąd na ziemię – i leci.
Szczególnym nabożeństwem do św. Stanisława Kostki odznaczali się wśród świętych: św. Robert Bellarmin (+1623), który miał jego wizerunek nad swoim łóżkiem; św. Franciszek Salezy (+1622), który naszemu Rodakowi poświęcił przepiękny wstęp w swoim traktacie O litości Bożej, i św. Jan Bosko (+1888), który wiele razy przypominał swojej młodzieży ciekawsze epizody z życia św. Stanisława. św. Stanisław Kostka należy do najpopularniejszych świętych polskich. Pierwsze jego żywoty napisali: o. Warszewicki zaraz po śmierci św. Stanisława i w swoich żywotach świętych o. Piotr Skarga, który wstąpił do tego samego nowicjatu jezuickiego w Rzymie w roku śmierci św. Stanisława. o. Romuald Gustaw z benedyktyńską pilnością zebrał bibliografię
dotyczącą św. Stanisława Kostki. Zamieścił ją na 26 stronach pisanych makiem. Pamiątek po świętym zostało w Polsce bardzo mało. W Rostkowie nie ma ani śladu z dworu Kostków. Nie wiemy dokładnie nawet, gdzie się znajdował. W pobliskim Przasnyszu, w kościele parafialnym, są tablice grobowe rodziny świętego. Chrzcielnica, przy której miał zostać dzieckiem Bożym, pochodzi dopiero z wieku XVIII. W Bibliotece Diecezjalnej w Płocku zachowana jest fotokopia herbu Kostków, Dąbrowa. Jest też dokument ważny, napisany przez Pawła zeznanie o swoim bracie, dla procesu beatyfikacyjnego, jak też podobne zeznanie wikariusza parafii przasnyskiej, obecnego przy jego chrzcie świętym. Zachowany jest akt zgonu Pawła Kostki z roku 1607. Wreszcie można tam oglądać także odpis dekretu kanonizacji świętego, wydany przez papieża Klemensa XI dnia 13 listopada 1714 roku. W Przasnyszu jest klasztor i kościół Ojców Pasjonistów, który dla zakonników ufundował brat świętego – Paweł. św. Stanisławowi przypisuje naród polski zwycięstwo, odniesione nad Turkami pod Chocimiem w roku 1621. W dniu tym bowiem (10. X) o. Oborski, jezuita, widział św. Stanisława Kostkę w obłokach, jak błagał Matkę Bożą o zwycięstwo nad Turkami. Przed cudownym obrazem św. Stanisława w obecnej katedrze lubelskiej modlił się król Jan II Kazimierz, przypisując jego orędownictwu zwycięstwo odniesione pod Beresteczkiem w roku 1651.